イレギュラーな取引があったら書類を見直しましょう！
売上や仕入などの取引は、フツーに繰り返されるものなので、税務調査官は、期末の売上（売掛金）の計上もれがないか、棚卸資産の金額は正確か、は当然チェックしますが、その取引自体を深く調べようとはしません。
それに対し、たまたまあった取引については、目を光らせます。
そういう取引は、得てして金額も大きいため、余計に税務調査官の注意を引きます。
変に疑われるとしたらどう疑われるかを予想する
税務調査官はその業界のプロではありません。
取引書類を見て、瞬時にその取引内容を把握できる訳ではありません。
税務調査官は正しく申告・納税されているかをチェックするために税務調査に来ています。
正しくない処理がないかを見つけるのが仕事です。
正しくない処理を見逃してしまったら大変ですから、疑いの目で書類を見ます。
この取引には対価性がないのではないか？と疑えば「寄附金」と考えるかもしれませんし、本来は社長が支払うべきものを会社に支払わせているのでは？と疑えば「役員賞与」（会社が社長に給与を払って社長がその給与で支払った）と考えるかもしれません。
「寄附金」や「役員賞与」になると、税金計算上の経費にならなくなったり、源泉所得税を追加で支払ったりすることになるかもしれません。
どのように見られる可能性があるか？を考えることが重要です。
相手先あっての取引だから
税務調査官に目を付けられた取引が「問題のない取引」であることを説明する必要があります。
これがきちんとできないと、税務調査官は、相手先（取引先）にその取引について聞きに行く、と言うでしょう。
そうなると、相手先にも負担をかけることになります。
こちらが仕事をもらっている立場だと、特に気まずいですよね。
すぐに取引内容を説明できるようにしておく
そうならないように、書類上できちんと取引内容が分かるよう、前もって準備しておきましょう。
「問題ない取引だから大丈夫」と安心しないのです。
問題ないことを証明するのは結構大変なのです。
聞かれたらその場でスパッと答えられるようにしておくのです。
そのためには、税務調査官がどういう方向に疑うか（これには税務の知識が当然必要です）、その疑いを晴らすためにはどういう説明・書類が有効か（これは取引当事者が一番分かりますよね）をシミュレーションしておくことが重要です。
